当社は、和銅６年現在の地に遷座したと伝えられている。
口碑によると、往昔神萬山の峯頂で笛を吹く音が１７日間も続き、ついに神形が２、３の石と化し、石笛の音を発したので、人々は奇異に思い山の名を笛吹山と改称して社殿を増築し、この石を奉祀した。これが本神社の創建でである。
　古来郷内一宮と称した。明治４３年３月神饌幣帛料供進神社に指定された。