本社の創立年代は不詳であるが建久３年以前の創立と伝へられる。
　神代の昔、大穴持命と須久那比古命が稲種を授けられたため、この里を種村と称するといわれる。爾来、穀物の祖神　御食神と産土神と斎奉った。
　元弘の乱に当り後醍醐帝が穏岐国より伯耆国に渡海させられた折、海上で御難に遭われ、海神に祈念をされて難をのがれ無事に名和の湊にお着きになった。そして伯耆国から美作国美甘にかかった時、供の公卿１人が発病したためこれを残して還御された。建武３年にこの公卿が種の里に来て神主となり海神の御神徳を信仰して住吉の神等を配祀して波上大明神と称した。
　寛文１０年美作の大主森内記守が社殿を建立した。明治に至り田根神社と改称し山王社、権現社を合祀した。
　昭和２８年には湯原ダム水没地の白山神社を合祀している。