当社は第６０代醍醐天皇延喜４年（904）高丸山に勧請し、仁安３年（1168）現在地に奉遷した。
　和名抄に英賀郡中井郷（なかつい）とある中井郷の大氏神として奉祀したものであり、大新嘗会和歌集、己之帖に「五社大明神　後一条院長和５年１１月２日、主基方備中高岡、内蔵権頭善滋朝臣為政はふり子が祈るもしるく高岡の社の神も君を守れる」と詠まれて古来著名の神社として知られている。
　仁安３年現在地に移し、天明年中火災により建物一切を焼失したが、天明７年４月（1787）再建したのが現在の社殿である。本社は主祭神と配祀神とを合わせて５柱の神を祀ったので高岡五社大明神と唱えたが、明治維新で神仏混淆が禁じられ高岡神社と改称した。