当社の草創は、古代に遡ると思われる。上房郡誌によると「往古は川合山のみねに石の宝殿を造り鎮座したり、古代の岩あり、正徳５年１２月、今の地に奉遷したり」と記されている。　
　川合山の頂上に「石の宝殿」がありそこに祀られていたという。古代、神の「依りしろ」は山や森や池等であったり、大木であったり、巨岩、巨石であった。故に石の宝殿に祀られていたと伝えられるのは常識であろう。
　川合山は、吉川川や宇甘川の両川の合流点に屹立し、神の「依りしろ」として、ふさわしく神々しい山容をなしている。古代の人は、ここにこの地の地主神を祀ったのである。
　先年宝殿の遺跡を発掘したところ、弥生時代の土器、石器が出土し、人々を驚かせたのであるが、これらから考えられることは、川合神社の草創は古代であったと思われる。川合山を中心に、前の原を神原といい付近に御神山、巫子山、巫子岩があり、向かいの高祖の山の段からは、寛保元年に土中から、古刀２口古鏡１面、古銅器１個、瓦器数個、銅、焼物の鈴などが出土した。
　これは、古墳時代のものと考えられ、古代より長期間、川合山がこの地方の信仰の中心であった。川合神社に、八幡神を勧請されたのはいつ頃か。これも確たる証拠になるものはない。ただ川合神社と清水寺とは非常に関係が深かったらしく、備中誌よると、社僧は清水寺から任じられたという。