本神社の創建年代は不詳であるが、平安時代の９２７年に編纂された延喜式に所載された式内社である。
　当時、この延喜式に登載された神社（式内社）は、毎年の祈年祭には国家的な奉幣を受け、他の一般神社とは別の待遇を得ていた。総社市内にはこの横田神社を含めて７社の式内社がある。
　境内にある天保７年（1836）に建立された石碑や資料によると、当社は中世に衰微し、天正１３年（1585）天神宮として再建され、更に文政１０年（1827）頃から天保７年（1836）頃に横田神社と改称して整備された。
　また、現在の社殿は文政１０年（1827）頃に完成した。