創建年月不詳。社伝によると八束水臣津奴命は築杵等手留比古命とご兄弟で、素盞嗚命の御子である。八束水臣津奴命が真銕吹く吉備の国に到リましたところ、遠い昔の上津道居都の辺りは海であったが、築杵等手留比古命と力を協せ、殖産興業の道を教え給い、漣波寄せる平島居都の御山に鎮り給うた。（北居都神社縁記)上代は八束水臣津奴命を北居都、南居都の両神社に分祀し、築杵等手留比古命を西平島築杵神社に奉斎した。神功皇后が三韓征伐の時この津に碇泊せられ、帰途にも船寄し給うたと伝えている。この縁で、住吉三神・神功皇后・仲哀天皇を配祀するようになった。明治４３年５月９日に本宮北居都神社に、築杵神社・南居都八幡宮・帆負八幡宮を合祀し今日に至っている。神階は従五位上で、延喜式外社、神饌幣帛料供進神社に指定せられた。