当神社の創立は不詳であるが、現存している最古の棟札には平安時代後期天永３年（1112）和気氏が新田郷の総鎮守として西久保方の上山上に八幡宮を建立したことが記されている。
　爾来、和気氏（郡司）藤原氏（地頭）明石、浦上　宇喜多氏、池田氏等有力者の崇敬が篤く、特に、播磨、備前、美作の守護であった赤松氏の崇敬が篤かった。南北朝時代、赤松則祐が足利尊氏に従い、九州で戦った時、宇佐八幡宮、神功皇后宮に参拝し戦勝祈願を行なったところ軍利を得たので神助に報いるため建武４年（1338）当神社を新しく造営し、現在地に遷宮した。
　明治５年郷社に列せられ、由加神社と改称した。明治４２年各地区のお社を当社に合祀し、現在に至る。
　御宝物は神功皇后御鎧及び御陣草履、赤松則祐奉納御鎧、赤松政則奉納御鎧、明石景行奉納矢等がある。