当社は往昔から熊野十二社権現として広く知られた大社で、文武天皇大宝元年（701）３月紀州熊野本宮を遷座した。
　聖武天皇は崇敬厚く児島一円を本宮領として寄進された。本宮に模して社殿を造営し、木見に新宮、山村に那智宮を建て、新熊野三山とした。
　熊野詣でが盛んになるにつれ当社参詣途次の奉幣所とし
て九十九王子権現を建て、又付近に山伏、別当の付属僧坊等、５０余ケ院に及び、当社の出仕寺院とした。
　孝謙天皇は紀州熊野山に対し日本第一大霊験根本の称を奉られ、当社もその号を称する事になった。白川上皇以後代々の上皇、貴紳院等続々紀州へ参詣され、特に後白川上皇３４度、後鳥羽上皇２９度を数えた。
　元久２年には児島一円を本宮神領として再度寄進があり、紀州熊野から荘務執行仕置等の諸役多数が来て、神領としての政を行い紀州との交流も盛んに行われた。
　その後承久３年の乱に敗れ、後鳥羽院は北条氏の為に隠岐島に配流され、第４皇子頼仁親王は当地へ配流となり、２６年間御在世の後、薨去され諸興寺に葬り奉った。この間後鳥羽院は隠岐島にて崩去されたので、親王は仁治元年当境内に石造宝塔を建て日々供養されたと伝えられる。
　又桜井宮覚仁法親王も乱をさけ下向されたと伝えられるが、同宮は熊野三山検校宮にて特に五流山伏を取立てられたので、同親王の供養塔も境内池中に建てたと伝えられる。
　これより前、建仁３年児島下之町宗願寺に宝塔を建て、建治２年に熊野道に地蔵を安置し、清田八幡神社、広江に紀州の神倉社を移して天石門別保布羅神社を祀り、俗に釈塔院様として広く信仰を集めた。
　その他玉野市滝「早滝宮」、早島町八尾及備中吉備津の「熊野権現」また、所々に残る「王子権現」等沢山の熊野社が建立され、其後も彦崎の「天神宮」、中庄及西阿知の「熊野神社」等々多くの分社や関係社が建立され、如何に大きな勢力を持っていたかを物語っている。
　その後元弘の乱に朝廷に味方した紀州熊野藩別当も戦に敗れ大きな痛手を蒙り、又当社僧の縁族も南朝に従い敗れるに至りさしもの大きな勢力も衰微するに至った。
　応仁３年兵火の為社堂悉く炎上に及んだが、別当大願寺天誉再建を志し諸国勧進の後、明応元年先ず一殿建立（重文）以後復興を見るに及んだが神領は次第に減少した。
　中国管領大内義興、毛利家父子の守護を受けたが児島一円の領地は僅か３ケ村に減じ豊大閣の時年百石の寄進があり、応て池田光政公寺院陶法の節当社の由緒を尊び備前藩特別崇敬社とされ社殿（県重文）の建替を命ぜられ年２百石寄進された。更に神社としての祭祀を明確にする為備前吉備津宮大守大藤内の弟に移住を命じ、神前祭祀を専らにさせる等厚い保護の下に明治に至った。
　この様に大変古い歴史を持ち乍ら延喜式神明帳に載らなかったのは、一つに紀州熊野が最高位の官幣に預っていたのでそれでよいと考えたこと、奉仕が僧、山伏で仏教色が強かったことによるものと考へられるが、当社の本源は紀州と同じく神社であるので、昭和１９年官社昇格を申請中の処終戦に至り、社格の高下は無くなった。然し社堂悉く国、県の重文であり境内山林共に史跡指定を受けた事は他社に比を見ないことであり、日本人の心の拠所としその維持保存に万全を期している。
　「・・・一度致参詣即十二時擁護、一念至信敬能払年中十二障難、誠利生度大功在、熊野山神威重徳極十二所権現者也」（熊野霊験記）