当社は、正中年間（1324～1326・鎌倉）に早島の氏神として八幡神社を祀ったのが始まりで、その後貞和６年庚寅２月２１日（1350・北朝）に吉備津神社から吉備津彦命荒魂を勧請し、現在の両社宮の形式となり御崎宮と称した。
　文禄２年（1593・安土桃山）宮崎城主高畠市正、安原備中守の手によって両社改築。慶長８年（1603・江戸）安原和泉守が八幡神社を再建。享保４年（1719・江戸）両社再建。同１１年神祇官領にて御崎宮神階正一位に昇進。明治３年に社名を鶴崎神社と改める。明治４年社格制度により郷社に列した。明治４０年神饌幣帛供進社に指定される。昭和１０年随神門改築。昭和４６年本殿屋根銅板葺替。平成１０年社務所移して改築。
　春、秋の大祭には吉備津神社の七十五膳据神事と同様に御盛相（おもっそう）［米を蒸し円筒形の型枠にはめ押し抜いたもの］を御膳に盛ってお供えする特殊神事「供膳祭」（きょうぜんさい）が古式に則り行われる。また、秋祭りの神幸祭は享保元年（1741）から行われており、早島町の秋の風物詩として大きな賑わいを見せる。
　御祭神の大吉備津彦命は、第７代孝霊天皇の皇子である。第１０代崇神天皇の御代人々は神祇を敬って天下にようやく災害も無くなったが、遠国には未だ大和朝廷の命に従わないものが多くあった。そこで天皇即位の１０年、天皇は皇族の中から４人の将軍を選んで北陸（大彦命　おおひこのみこと）・東海（武渟川別命　たけぬなかわわけのみこと）・西道（吉備津彦命　きびつひこのみこと）・丹波（丹波道主命　たにはのみちぬしのみこと）に派遣して天下を鎮定する事となった。
　命はその四道将軍の一人として西道（吉備国・現在の岡山県、広島県東部）に下られ、当時の有力な強賊蟹梟帥（かにたける）を征伐して、この国を平定された。その後吉備国に永住し国の統治にあたり２８１歳の長寿を保ったとされる。