倉敷の古名は「阿知」であり、当社は倉敷総鎮守の神社である。
　これは、日本書紀応神記（４世紀）に「阿知使主（あちのおみ）が韓国より１７県の人達を率いて帰化してきた」とあり、阿知使主の一族がこの地に住み着いて、養蚕・絹織・縫製・鉄文化等の先進技術を伝え、広め、大いに栄えたことに由来している。
　また、社記には神功皇后三韓征伐の途中、暗闇に航路を見失われ宗像三女神に祈願された時に、三振りの剣が雷鳴と共に天空から明るく輝いてこの地に降ったため、応神天皇の御代に妙剣宮（妙見宮）と称してこれを祀ったと記されている。
　古来この一帯は吉備の穴海と称され、内海深く湾入し社地は内亀島という小島であったため、海の交通交易の守護神である宗像三女神を奉斎したとも伝えられている。
　室町末期、慶長、元和の頃から祭祀は当地草分けの有力者の木綿襷組（ゆふだすきぐみ）が交代執行し、江戸中期に観竜寺の別当が管理し、神仏混淆して明治に至ったが、同２年神仏分離令により妙見宮を阿智神社に復号した。
　当社は倉敷の中心部、美観地区の鶴形山の頂上にあり、広い境内には蓬莱思想に基づいた日本最古の鶴亀様式の古代庭園とも伝えられる天津磐境の他、盤座・磐境が点在し、中腹の斎館の風雅な庭には陰陽の盤座のほか水琴窟もある。また、能舞台、絵馬殿、芭蕉堂等もあり、本殿北側の「阿知の藤」は曙藤では日本一大きく古く、倉敷市の市花でもあり、県の天然記念物に指定されて、毎年５月５日の藤祭には多くの人で賑わう。